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Seit 1860 setzen in Sachsen-Altenburg Bestrebungen ein, nach dem Vorbild der anderen ernestinischen Staaten ein modernes Ministerium als einheitliche oberste Verwaltungsbehörde zu errichten. Sie führten erst 1866 zum Erfolg, als das 1826 gegründete Geheime Ministerium mit der Landesregierung und dem Finanzkollegium zum Ministerium vereinigt wurde. Das Konsistorium als Oberbehörde für Kirchen- und Schulsachen blieb zunächst noch außerhalb der Ministerialorganisation und dem Ministerium unterstellt. Seine Auflösung und die Eingliederung seiner Aufgaben in das Ministerium erfolgten erst 1869.
Das Ministerium zu Altenburg wirkte als Gesamtministerium und in seinen einzelnen Abteilungen. An der Spitze stand der Staatsminister, der den Vorsitz im Gesamtministerium führte und eine Ministerialabteilung leitete. Dem Gesamtministerium gehörten im übrigen die mit dem Titel Staatsrat oder Geheimer Staatsrat ausgezeichneten anderen Abteilungsvorstände mit Sitz und Stimme an. Das Gesamtministerium leitete die wichtigsten Staatsangelegenheiten kollegial, während die laufenden Verwaltungsgeschäfte in den Abteilungen bürokratisch bearbeitet wurden.
Das Ministerium gliedert sich zunächst 1866 in vier Abteilungen:
1. Abteilung für die Angelegenheiten des Herzoglichen Hauses, für Auswärtiges, für Kultus (soweit nicht Aufgabe des Konsistoriums) und für Militärsachen,
2. Abteilung für die Justiz,
3. Abteilung für das Innere,
4. Abteilung für die Finanzen.
Aber schon nach Übernahme der Aufgaben des Konsistoriums erhielt das Ministerium 1869 eine abgeänderte Einteilung; seitdem bestanden:
Erste Ministerialabteilung:
Abteilung für Angelegenheiten des Herzoglichen Hauses, für auswärtige und Zollvereinsangelegenheiten und für Militärwesen,
Abteilung für Kultusangelegenheiten,
Abteilung des Innern,
(Zweite) Ministerialabteilung für die Justizangelegenheiten,
(Dritte) Ministerialabteilung der Finanzen.
Im Jahre 1892 wurde die Abteilung des Innern aus der Ersten Ministerialabteilung ausgegliedert und als Dritte Ministerialabteilung fortgeführt. Damit wurde das Finanzressort Vierte Ministerialabteilung. Im Jahre 1915 hat man schließlich die Abteilung des Innern wieder an die Erste Ministerialabteilung angegliedert, dafür wurde aber die Abteilung für Kultusangelegenheiten als Dritte Ministerialabteilung verselbständigt.
Beim Sturz der Monarchie entstanden im November 1918 noch eine Fünfte Ministerialabteilung für Wohlfahrtswesen und eine Sechste Ministerialabteilung für Wirtschaft. Das Ministerium erhielt schließlich 1919 die Bezeichnug Staatsministerium. Es gliederte sich seitdem in sechs Abteilungen: Inneres, Kultusangelegenheiten, Justiz, Finanzen, Wohlfahrt und Wirtschaft. Es wurde seit 1921 als Gebietsregierung für das thüringische Gebiet Altenburg fortgesetzt und 1923 aufgehoben.