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Das Archiv des zwischen 1265 und 1272 von den Herren von Frankenstein gegründeten, später fuldischen Frauenklosters Allendorf ist 1525 während des Bauernkriegs durch den sächsischen Amtmann zu Salzungen sichergestellt und nicht mehr an die Nonnen zurückgegeben worden. Für die vormaligen Besitzungen des Klosters wurde 1531 das Klosteramt Allendorf gegründet, das später mit dem Amt Salzungen vereinigt wurde.
Für den neuen Besitzer waren nur noch die Urkunden und Akten von Interesse, die die Besitzrechte des Klosters an Grund und Boden begründeten; der Rest wurde vernichtet oder ging verloren. Salzungen ging 1680 in den Besitz der Linie Sachsen-Meiningen über.
Die Archivalien aber blieben auch nach den Erbteilungen des 16. und 17. Jahrhunderts beim Haus Sachsen-Gotha; sie wurden im 18. Jahrhundert dem Geheimen Archivs in Gotha zugeordnet. 1932 wurde dieser, der Forschung fast völlig entgangene Bestand an das Thüringische Staatsarchiv Meiningen abgegeben.