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Am 8. November 1990, im wiedergegründeten Freistaat Thüringen wurde Dr. Volker Sklenar zum Minister für Landwirtschaft und Forsten berufen. Vom 8. November 1990 bis 30. November 1994 bestand das Ministerium für Umwelt und Landesplanung. Am 30. November 1994 wurde das Umweltressort zugeordnet und das Ministerium firmierte als Ministerium für Landwirtschaft, Naturschutz und Umwelt. Dr. Sklenar war bis zu seiner Pensionierung am 2. November 2009 Minister dieses Ministeriums. Ab 4. November 2009 wurde das Ministerium unter der Leitung von Minister Dr. Reinholz zum Ministerium für Landwirtschaft, Forsten, Naturschutz und Umwelt umbenannt. Seit Dezember 2014 firmiert es als Ministerium für Umwelt, Energie und Naturschutz (Ministerin Anja Siegesmund).

Die Aufgaben des TLMNU waren bis 2010 auf 7 Abteilungen verteilt:
Abt. 1 - Zentrale Dienste, Abt. 2 - Naturschutz, Grundsatz, Abt. 3 - Landwirtschaft, Markt, Ernährung, Abt. 4 - Industrie, Bergwesen, Kreislaufwirtschaft, Abt. 5 - Wasser, Boden, Altlasten, Abt. 6 Ländlicher Raum, Abt. 7 - Forsten.
Im April 2010 erfolgte die Verteilung der Aufgaben auf 5 Abteilungen: Abt. 1 - Zentralabteilung, Abt. 2 - Forsten und Naturschutz, Abt. 3 - Landwirtschaft, Markt, Ernährung, Abt. 4 - Umwelt, Wasserwirtschaft, Bergbau, Abt. 5 - Ländlicher Raum, Klima. Im Dezember 2014 wurden die Bereiche Landwirtschaft und Forsten in das neue Ministerium für Infrastruktur und Landwirtschaft (alt: Ministerium für Bau, Landesentwicklung und Verkehr) integriert.

Für die Benutzung der Unterlagen ist die 30jährige Schutzfrist nach Schließung der Unterlagen gemäß § 17, Absatz 1 des Thüringer Archivgesetzes zu beachten. Diese kann jedoch im Einzelfall auf Antrag verkürzt werden.