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- Universität, Zentralorgane
- Universität, Fakultäten und Arbeiter- und Bauernfakultät
- Universität, Geistes-, Kultur- und Sozialwissenschaftliche Institute und Einrichtungen
- Universität, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Institute und Einrichtungen
- Universität, Medizinische Institute, Kliniken und Einrichtungen
- Universität, Landwirtschaftliche Institute und Einrichtungen
- Universität, Gesellschaften und Organisationen
- Nachlässe, Teilnachlässe, Persönliche Überlieferungen (soweit bereits erschlossen)
- I Manuskripte, Dokumentationen und Findhilfsmittel zum Personenbestand und zur Universitätsgeschichte der Universität Jena
- I Abt. VM Vorlesungsmanuskripte
- V Abt. I Nachlass Prof. Dr. Rudolf Hübner
- V Abt. II Nachlass Prof. Dr. Peter Petersen
- V Abt. III Nachlass Prof. Dr. Julius Grober
- V Abt. IV Nachlass Prof. Dr. Friedrich Schneider
- V Abt. V Nachlass Prof. Dr. Ernst Abbe
- V Abt. VI Nachlass Prof. Dr. Walter Judeich
- V Abt. VII Nachlass Prof. Dr. Edith Straube
- V Abt. VIII Nachlass Prof. Dr. Jussuf Ibrahim
- V Abt. IX Nachlass Prof. Dr. Max-Hildebert Boehm
- V Abt. X Nachlass Prof. Dr. Henrik Becker
- V Abt. XI Nachlass Prof. Dr. Gerhard Buchda
- V Abt. XII Nachlass Prof. Dr. Wilfried Möbius
- V Abt. XIII Nachlass Prof. Dr. Hugo Preller
- V Abt. XIV Nachlass Prof. Dr. Günter Steiger
- V Abt. XVI Nachlass Prof. Dr. Siegfried Schmidt
- V Abt. XVIII Nachlass Prof. Dr. Ernst Giese
- V Abt. XIX Nachlass Marta Bergemann-Könitzer
- V Abt. XVII Nachlass Prof. Dr. Alfred Noll
- V Abt. XX Teilnachlass Prof. Dr. Heinz Keßler
- V Abt. XXIII Nachlass Prof. Dr. Felix Jentzsch
- V Abt. XXVI Teilnachlass Prof. Dr. Gustav Döderlein
- V Abt. XXVII Nachlass Prof. Dr. Joachim Müller
- V Abt. XXIX Teilnachlass Dr. Leopold Besser
- V Abt. XXXI Teilnachlass Prof. Dr. Heinrich Gerland
- V Abt. XXXII Teilnachlass (in Kopie) Prof. Dr. Martin Drath
- V Abt. XXXIII Nachlass Prof. Wilhelm Müller
- V Abt. XL Nachlass Prof. Dr. Bernhard Kummer
- V Abt. XLI Nachlass Prof. Dr. Günter Behm-Blancke
- V Abt. XLII Nachlass Rudolf Ahrens
- V Abt. XLVI Nachlass Prof. Dr. Hans Berger
- V Abt. XLVII Nachlass Prof. Dr. Hans Espe
- V Abl. L Nachlass Angela Hübner
- V Abt. LII Teilnachlass Prof. Dr. Manfred Girbardt
- V Abl. LIV Nachlass Prof. Dr. Karl Heussi
- V Abt. LX Nachlass Prof. Dr. August Sieberg
- V Abt. LXII Nachlass Prof. Wolfgang (Wolf) Meyer-Erlach
- V Abt. LXVIII Nachlass Prof. Dr. Gustav von Zahn
- V Abt. LXX Nachlass Prof. Dr. Hanna Jursch
- V Abt. LXXII Nachlass Prof. Dr. Gotthard Neumann
- Sammlungen sowie Promotions- und Habilitationsakten und -schriften
- Universität, Zwischenarchiv
- Zeitungen
- Amtsblätter und Vorlesungsverzeichnisse
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